Ganja Khanate Phục bích tại Armenia

Năm 1626, Mohammed Kuli-Khan mất quyền kiểm soát vương quốc bởi Daoud Khan.[139] Đến năm 1640, ông mới giành lại ngôi vị của mình.[140]

Từ năm 1781 đến năm 1784, Khans Ba Tư nằm dưới sự chiếm đóng của Vương quốc Karabakh, Ibrahim Khalil Khan được đặt lên cai trị xứ này thay vì Mohammad Hasan Khan đã thất thế.[141] Năm 1784, Hajji Beg Barlas, anh trai của Muhammad Hasan Khan đã nổi dậy chống trả người Karabakh và lấy lại Ganja Khanate.[142] Năm 1786, Hajji Beg Barlas tạ thế và Mohammad Hasan Khan lên ngôi lần thứ hai, tuy nhiên quân Karabakh đã nhanh chóng tràn sang đánh bại, bắt sống rồi cầm tù Mohammad Hasan Khan, cuối cùng họ đã sát hại ông vào năm 1792.[143]